1989 — відродження «Карпат»
Перші важливі кроки для відновлення народної команди «Карпати» було зроблено 28 липня 1987 року, коли львівська газета «Ленінська молодь» опублікувала критичну статтю Івана Сала «Футбол… поза грою», де автор вимагав розділити СКА «Карпати» на дві команди, як було ще з 1960-х років і таким чином повернути Львову колишню футбольну славу та традиції. Цю статтю було написано ще у 1983, але через цензуру влади її надруковано лише через 4 роки. В листопаді-грудні 1988 року на сторінках всеукраїнського видання «Спортивна газета» було проведено акцію "Я, мама, тато — за команду «Карпати»", яка зібрала 70 тисяч підписів по всьому УРСР.
У кінці 1988 року делегація зі Львова їздила до республіканської федерації футболу у Києві, також було проведено переговори з представниками Деркомспорту у Москві. Оскільки місце у першій лізі було заброньоване за СКА «Карпати», відроджений цивільний клуб мав починати виступи з нижчої, другої ліги. Це задовольнило обидві сторони і 5 січня 1989 року в Москві було підписано свідоцтво про відновлення команди «Карпати».
До Львова з колективів інших міст відразу повернулось багато вихованців «Карпат», які бажали захищати честь рідної команди: Степан Юрчишин, Сергій Квасников, Віктор Рафальчук, Григорій Батич, Василь Леськів, Богдан Бандура та інші.
«Зелено-білі» з перших ігор показали, що переростають рівень більшості команд другої ліги. У 1989 та 1990 роках клуб виборював «бронзу», а у 1991 році, в останньому чемпіонаті СРСР завоював «золото».
Чемпіонати незалежної України
Після здобуття незалежності «Карпати» виступали у вищій лізі України починаючи з першого ж сезону (1992). У сезоні 1997-98 «Карпати» посіли 3-є місце, що поки є найкращим результатом за історію клубу. Також клуб двічі дійшов до фіналу Кубка України: у сезонах 1992/93 і 1998/99. Ті результати «Карпати» показували під керівнництвом головного тренера Мирона Маркевича, який очолив клуб у 1992-му і працював там до 1999 року.
«Карпати» підтвердили історичне реноме кубкової команди: в сезоні 1992/93 стали фіналістами Кубка України, отримавши у наступному сезоні право грати в Кубку володарів кубків, а у сезоні 1993/94 були близькі до того, щоб повторити цей успіх. У півфіналі львів'яни змагалися з одеським «Чорноморцем». Гра у Львові завершилась унічию (0:0), а в Одесі рахунок довгий час був 1:1 (що виводило гостей у фінал за рахунок м'яча, забитого на виїзді) і лише на останній хвилині «Чорноморець» забив переможний гол.
У першостях 1992/93 та 1993/94 клуб посідав високі місця: 6-те і 5-те, відповідно. Наступний чемпіонат «Карпати» закінчили дещо нижче — на 8-му місці. Також протягом сезону змінився президент клубу, яким став Роман Гірник. Головний тренер Мирон Маркевич не зійшовся з новим президентом щодо ряду питань і після закінчення першості 1994/95 покинув «Карпати».

Наставником став помічник Маркевича Володимир Журавчак. Але якість гри команди не покращилась і в сезоні 1995/96 зафіксовано досі найбільшу поразку львівського клубу в чемпіонатах України: «Кремінь» (Кременчук) — «Карпати» — 6:1. Перед початком нової першості до команди вдалося повернути Мирона Маркевича, який вивів «зелено-білих» на 5 місце в 1997 році, а наступного року здобув з «Карпатами» бронзові медалі вищої ліги чемпіонату України. Це третє місце стало найбільшим успіхом клубу до і після того. Ворота команди тоді захищав досвідчений Богдан Стронціцький, в обороні виступали Юрій Беньо, Олександр Чижевський та Володимир Єзерський, у середині поля — Євген Назаров, Сергій Ковалець і Сергій Мізін, а найкращим бомбардиром став Олександр Паляниця. Також «Карпати» в сезоні 1998/99 вдруге вийшли до фіналу Кубка України, де не мали жодних шансів проти київського «Динамо», яке очолював Валерій Лобановський — 0:3. Але таке досягнення дозволило львів'янам втретє і поки що востаннє зіграти у єврокубках.
Літо 1999 року ознаменувалось частковою реконструкцією домашньої арени — замість дерев'яних лавок на стадіоні «Україна» було встановлено пластикові сидіння. Львів готувався приймати ігри «Карпат» у Кубку УЄФА. Через це кілька перших домашніх матчів клубу у чемпіонаті України 1999/2000 відбулося на стадіоні СКА, де «Карпати» не приймали суперників ще з 1960-х років. Тимчасове повернення виявилось вдалим: 1 серпня 1999 року зафіксовано найбільшу перемогу «Карпат» у вищій лізі чемпіонату країни, коли одеський «Чорноморець» поступився у Львові з рахунком 0:5. Отож історичний успіх здобуто не на стадіоні «Україна», де «зелено-білі» провели 99 % всіх домашніх ігор першості України, а на стадіоні СКА.

Досягнення «левів» у 1990-х (два виходи до фіналу Кубка України, бронзові медалі чемпіонату) не вимагали великого бюджету і матеріальних витрат, які в українському футболу почали різко рости на початку 2000-х років. Унаслідок цього збільшилась плинність кадрів, адже хороші гравці дістали можливість отримувати у клубах-грандах дуже високі гонорари. «Карпати» намагались запрошувати іноземних футболістів, у деяких випадках переборщивши з цим. В чемпіонаті 2001/02 років у барвах клубу виступило аж 37 гравців (серед них 9 іноземців) — найбільша кількість в історії команди. Команда перетворилась на середняка вищої ліги, а тренери змінювалися що кілька місяців. Безпрецедентним став випадок з Мироном Маркевичем — у 2001 році він очолив «Карпати» вже втретє у кар'єрі, а в 2003 навіть учетверте, але врятувати команду не зміг.
Навесні 2004 команда посіла передостаннє, 15-е місце у чемпіонаті і вилетіла до першої ліги, де виступала протягом двох сезонів. Після пониження у класі команду залишив ряд сильних і амбіційних футболістів (Сергій Мізін, Сергій Даниловський, Тарас Кабанов, Сергій Ковальчук та інші).
У сезоні 2005/06 команда досягла унікального, як для клубу з першої ліги, успіху в Кубку України, діставшись півфіналу і здолавши на шляху три команди вищої ліги. Всі 3 голи у домашніх перемогах над «Чорноморцем» (1:0), «Шахтарем» (1:0) і «Ворсклою» (1:0) здобув бразильський нападник Вільям Роша Батіста — одне з найкращих придбань клубу за останні роки. Особливо сенсаційним був результат гри із «Шахтарем», тогочасним чемпіоном України. Господарі витримали шквал атак гостей і забили вирішальний гол у другому таймі. А після матчу керівництво донецького клубу було настільки вражене надійною грою львівського воротаря Богдана Шуста, що купило футболіста відразу ж у перше можливе трансферне вікно — вже через 3 місяці. За результатами сезону «Карпати» посіли 2-е місце у першій лізі і вибороли право знов виступати у найвищому дивізіоні.

Першість 2006/07 клуб провів сильно, посівши 8-е місце. Найкращим бомбардиром став Батіста, який забив 10 голів. У наступні роки «Карпати» потерпали від т. зв. «синдрому другого сезону» — після повернення до «вишки» і хорошого виступу у першому сезоні в наступній першості часто наступає спад. У чемпіонаті 2007/08 львів'яни продовжили список значних кадрових втрат — із львівської команди після виходу до вищої ліги пішов ряд старших, досвідчених гравців, лідерів колективу (Распопов, Тимчишин, Тлумак, Сучков, Батіста), яких замінила місцева молодь — вихованці західноукраїнського футболу. Омолоджений склад показував нестабільну гру, про що свідчить, наприклад, розгром у Києві влітку 2007 р.: «Динамо»—«Карпати» — 3:7 чи поразка у жовтні того ж року в Одесі від «Чорноморця» з рахунком 0:4. У підсумку — 10-е місце у чемпіонаті.
В 2008 році, після виходу до вищої ліги футбольного клубу «Львів», уперше в історії вищої ліги там виступало 2 львівські команди. Ще раніше перша офіційна зустріч цих клубів завершилась несподівано — у вересні 2006 року тоді ще першолігові «міщани» вибили вищолігові «Карпати» з Кубка України в поєдинку 1/16 фіналу. Реванш було взято 15 листопада 2008 року, коли в першому в історії української вищої ліги (теперішньої Прем'єр-ліги) львівському дербі «зелено-білі» обіграли «Львів» 4:2, поступаючись протягом гри 0:2.
Врешті-решт, Олег Кононов зумів підібрати виконавців, які творять на полі єдиний колектив. Взимку сезону 2008/09 років клуб залишили колишні основні футболісти (Володимир Федорів, Самсон Ґодвін, Максим Фещук), але команда заграла краще і блискуче почала весняну частину першості: домашні перемоги 3:0 над «Чорноморцем», «Кривбасом»і виїзний розгром «Іллічівця» 5:1, який став найбільшою виїзною перемогою «Карпат» за всю історію виступів у вищій лізі України.

Львівське дербі другого кола відбувся 26 травня 2009 року і припало на останній тур чемпіонату. Матч був дуже важливим для «Львова», оскільки навіть нічия дозволила б команді залишитись у Прем'єр-лізі. Проте «Карпати» перемогли 2:1, а «міщани» вилетіли до першої ліги.
В середині серпня 2009 року клуб святкував 40-річний ювілей здобуття Кубка СРСР 1969 року. Оскільки за право володіти Кубком зараз йде судовий процес між Російським футбольним союзом і московським «Спартаком», то керівництво клубу у 2007 році вирішило виготовити точну копію трофею — окремі частини виготовляли ювеліри Львова, Тернополя і Києва, кришталь привезено зі Словаччини. Завдяки цьому створено унікальну й достовірну копію кришталевого кубка.

Всі охочі сфотографуватися з трофеєм змогли зробити це 30 серпня на «Україні» за 2 години перед матчем 6-го туру між «Карпатами» та «Оболонню», який розпочався о 19:00. Перед матчем відбулося вшанування ветеранів-володарів Кубка СРСР 1969 року. Окрім того керівництво клубу ухвалило рішення на цей поєдинок зробити безкоштовний вхід для всіх пенсіонерів.
Розгром із рахунком 5:0 «Оболоні» (Київ) 30 серпня 2009 року став повторенням найбільшої перемоги за часів виступів «Карпат» у вищій лізі.
Прекрасно розпочав першість молодіжний склад «Карпат» — 11 перемог поспіль на старті сезону стали рекордною переможною серією за всю історію змагань молодіжних (дублюючих) команд у вищій лізі України.