Металург є одним з наймолодших професіональних футбольних клубів України. У січні 1996 року обласна федерація футболу передала на баланс Донецького металургійного заводу футбольну команду другої ліги — «Шахтар» (Шахтарськ). У керівництва «Шахтара» не було коштів для подальшого існування, а керівники Донецького металургійного заводу прагнули мати власну професіональну команду.
У липні 2001 року власник змінився і президентом клубу став Сергій Тарута. Базуючись в Донецьку, де традиційно домінує «Шахтар», він має невелику уболівальницьку, але потужну фінансову підтримку, знаходячись у власності корпорації Індустріальний союз Донбасу.
Завдяки потужному фінансуванню, клуб має можливість запрошувати дорогих футболістів, в тому числі з-за кордону. В сезонах 2001-02, 2002-03 і 2004-05 Металург посідав третє місце у вищій лізі.
Клуб є співавтором незвичного антирекорду: «Металург» програв усі 18 матчів з Шахтарем між 1996 і 2006 роками, породивши велику кількість чуток про начебто корупційні відносини між власниками двох клубів і договірний характер матчів між ними. «Металург» уперше зміг бодай зіграти унічию зі своїм титулованим сусідом у 2006 році (0:0). Віце-президент «Динамо» Йожеф Сабо в іронічному стилі публічно оголосив про наміри поставити пам'ятник Металургу за це досягнення.
* Аїлтон Ґонсалвес да Сільва
* Георгій Деметрадзе
* Йорді Кройф
* Андрес Мендоса
* Яя Туре
* Сергій Шищенко
* Олександр Косирін